南麂列島地處臺灣暖流與江浙沿岸流交匯和交替消漲的海區，屬亞熱帶海洋季風氣候。區內海洋生物物種繁多，區系成分復雜，自然生態系統保存良好，生物種類有很多：魚類397種、蝦類79種、蟹類128種，而貝藻品種之齊全居各海域之冠。本區已鑒定的海洋貝類有403種，其中19種為國內首次記錄，海洋底棲藻類有174種，其中黑葉馬尾藻為世界海洋藻類的新種，貝藻類種數約占全國的29% 以上。本區的貝藻類不僅種類豐富，而且還具有溫、熱帶兩種區系特征和地域上的斷裂分布現象，堪稱我國近海貝藻類的一個重要基因庫。
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